基本共通點
兩者均為關聯式資料庫，支援 ANSI-SQL、二進位關鍵字、索引加速查詢、XML 格式。
核心哲學差異：開放 vs 保守
- SQL Server：單一、保守的儲存引擎（Sybase 衍生）。
- MySQL：可擴展、開放的儲存引擎架構，支援 MyISAM、Heap、InnoDB、Berkeley DB 等多種引擎，可依需求選擇。但 MyISAM 不支援交易，且對外來鍵支援有限。
授權成本
- SQL Server：商業授權，開發可隨 Visual Studio/Office 取得，生產環境需購買 Standard Edition；學校/非營利機構有優惠。
- MySQL：開源免費（GPL），商業嵌入式授權較廉價。
效能表現
- MySQL：預設 MyISAM 引擎磁碟相容性佳、低 CPU/記憶體佔用；Windows/Linux/UNIX 均能運行，64 位元處理器可發揮更大效能（內部大量使用 64 位整數）。Yahoo! 等大型站點採用。
- SQL Server：穩定性較強，但需更複雜操作、更多磁碟/記憶體資源。硬體不足時建議改用其他 DBMS。兩者均支援 .NET/J2EE 與 RAID。
安全與備份特性
- MySQL：二進位記錄 (Binary Log) 支援快速複寫，崩潰後記錄完整、複寫不損壞。
- SQL Server：可記錄查詢但成本高；具備時間點恢復與部分資料庫還原，持續監測資料交換點，損壞時可恢復過程，資料完整性保障更強。
選型建議
沒有絕對優劣，僅有適合與否。
- 建立 .NET 伺服器體系、跨平台存取、參與資料庫管理 → SQL Server。
- 建立 第三方讀取型站點、客戶端讀取資料 → MySQL。
