開發者最常面對的兩大後端資料庫，同樣支援 ANSI-SQL、二進位索引、XML 格式。除授權費用外，核心差異在於架構哲學、效能特徵、安全機制與災難恢復能力。
根本架構差異：開放 vs 封閉
- SQL Server：專有、封閉儲存引擎（Sybase 衍生），擴展性受限。
- MySQL：可插拔儲存引擎架構（MyISAM、Heap、InnoDB、Berkeley DB），開放靈活，但早期版本缺乏預存程序、觸發器、視圖等企業級功能（5.0 後大幅補強）。
授權成本模式
- SQL Server：商業授權。開發可隨 Visual Studio/Office 取得，商業部署需購買 Standard Edition；學校/非營利機構有優惠。
- MySQL：雙授權（GPL 開源/商業授權）。開源專案免費，商業嵌入式分發需購買商業授權，整體成本極低。
效能特徵對決
- MySQL：預設 MyISAM 引擎極輕量，CPU/記憶體佔用極低，Windows/Linux/UNIX 均表現優異，64 位系統發揮更佳。Yahoo! 等大型站點採用。
- SQL Server：功能豐富但資源佔用高，需強大硬體支撐；硬體不足時反而不如輕量級 DBMS。
安全與日誌機制
- MySQL：二進位日誌（Binary Log）記錄資料變更，支援快速複制、崩潰後完整性保證、時間點恢復。
- SQL Server：可記錄 SQL 查詢日誌，但效能代價高。
兩者皆有完整認證授權體系，預設埠號均有被掃描風險，建議自訂埠號。
災難恢復能力
- MySQL (MyISAM)：損壞風險較高，嚴重時可能導致全庫資料遺失。
- SQL Server：交易日誌機制完善，可精確追蹤交易點，支援線上恢復、最小化資料遺失。
選型建議
沒有絕對優劣，只有場景適配度。
- 建構 .Net 企業級平台、跨平台存取、需圖形化管理工具 → SQL Server。
- 建構 Web 應用、第三方網站、讀多寫少、成本敏感、Linux/Unix 部署 → MySQL。
兩者均可運行於 .Net/J2EE，支援 RAID。決策核心：任務需求決定選擇，而非功能清單比較。
