在 MySQL 中，所有資料欄位類型均可建立索引。對查詢條件中涉及的欄位加上索引，是提升 SELECT 查詢效能的最直接手段。各儲存引擎對每張表的最大索引數量及索引總長度有各自限制，但所有引擎至少支援每表 16 個索引、總長度 256 位元組，大多數引擎的上限更高。
MySQL 5.1 版本中，MyISAM 與 InnoDB 表的索引前綴長度可達 1,000 位元組。需注意前綴長度以位元組為單位，而 CREATE TABLE 中指定的長度為字元數；使用多位元組字元集（如 utf8）時須特別留意換算。此外，MyISAM 專有的 FULLTEXT 索引支援全文搜尋，僅限 CHAR、VARCHAR、TEXT 欄位，且不支援前綴索引；空間索引同樣僅 MyISAM 支援，採用 R-tree 結構。MEMORY 引擎預設使用 Hash 索引，亦可選擇 B-tree。
最適合建立索引的欄位是出現在 WHERE 條件、JOIN 連接條件中的欄位，而非 SELECT 選取清單中的欄位。
欄位值分布越唯一，索引效果越好。例如「身分證字號」極適合建唯一索引；而「性別」僅有 M/F 兩值，索引選擇率極低，建立索引幾無助益。
對長字串欄位（如 CHAR(200)）建索引時，若前 10–20 字元已能區分大多數值，僅索引前綴可大幅節省空間、減少磁碟 I/O，並讓更多索引鍵值駐留在記憶體中，加快查詢。但前綴過短（如僅 1 字元）會導致基數極低，得不償失。
建立 (a,b,c) 複合索引等同於同時擁有 (a)、(a,b)、(a,b,c) 三個索引。查詢若能匹配最左側欄位集合，即可利用該索引；這與單欄位前綴索引截然不同。
索引並非「越多越好」。每個額外索引都佔用磁碟空間，並拖慢 INSERT/UPDATE/DELETE 寫入效能（需維護索引結構）。優化器生成執行計畫時也需遍歷更多索引，可能選錯最優索引。僅保留必要索引，若新增索引屬現有複合索引的最左前綴，則無需重複建立。
索引可服務於 =、<=>、IN、IS NULL、BETWEEN、>、< 等範圍條件，以及 LIKE 'prefix%' 固定前綴模糊查詢。若欄位僅用於 STRCMP() 等函式運算，建索引無意義。
| 特性 | B-tree 索引 | Hash 索引 |
|---|---|---|
| 支援運算子 | =、<=>、IN、IS NULL、>、<、>=、<=、BETWEEN、!=、<>、LIKE 'prefix%' | 僅 =、<=>（極快） |
| ORDER BY 加速 | 支援 | 不支援 |
| 範圍查詢 | 支援 | 不支援（無法估算行數） |
| 部分鍵值查詢 | 支援最左前綴 | 需完整鍵值 |
索引讓 MySQL 能快速定位到資料檔中間位置，避免全表掃描。對 1,000 筆資料的表，索引查詢至少快 100 倍；但若需存取大部分資料列，順序掃描反而更快（省去隨機 I/O）。大多數索引（主鍵、唯一、普通、全文）以 B-tree 存儲；空間索引用 R-tree；MEMORY 表另支援 Hash。
