當 Java 代碼調用原生方法時,控制權傳遞至虛擬機「體系」之外。原生方法擁有對作業系統的完全存取權限!若由自己編寫,這正是所期望的;但對 Applet 而言卻不可接受——至少不能預設允許。不希望從網路下載的 Applet 自由操作檔案系統及機器敏感區域,除非特別授權。
為防止 J/Direct、RNI 和 COM 整合被濫用,只有受信任(委託)的 Java 代碼才有權調用原生方法。根據 Applet 具體用途,必須滿足不同條件方可放行。例如使用 J/Direct 的 Applet 必須擁有數位簽名,證明自身完全受信。撰寫本文時,並非所有安全機制均已實現(Microsoft SDK for Java beta 2 版),新版本發布後請務必查閱其文件說明。