Perl 輸入記錄分隔符 ($/) 進階用法：自定義行分隔讀取基因數據

Perl $/ 變數：重新定義「什麼是一行」

Perl 預設以換行符 `\n` 作為輸入記錄分隔符 (`$/`)，但 `$/` 可設為任意字串，讓 `<FH>` 一次讀取一個「邏輯記錄」，極適合處理 FASTA、GenBank 等生物資訊格式。

範例資料 (strawberry1.gb 片段)

LOCUS       JX118024 460 bp DNA linear PLN 25-SEP-2012
DEFINITION  Fragaria vesca subsp. americana RNA polymerase beta subunit (rpoC1) gene, partial cds; plastid.
//
ACCESSION   JX118024
//
VERSION     JX118024.1 GI:402238751
KEYWORDS    .
how
///
SOURCE      plastid Fragaria vesca subsp. americana

1. 預設行讀取

#!/usr/bin/perl
open(my $fh, '<', 'strawberry1.gb') or die "無法開啟: $!";
my $record = <$fh>; # 只讀第一行
print $record;
# 輸出: LOCUS       JX118024 460 bp DNA linear PLN 25-SEP-2012

2. 設定 $/ = "///\n" 讀取完整記錄

$/ = "///\n";
open(my $fh, '<', 'strawberry1.gb') or die $!;
my $record = <$fh>; # 讀到第一個 "///\n" 為止
print $record;
# 輸出: LOCUS...how 共 11 行 (含 /// 那行)

3. 設定 $/ = "how\n" 以關鍵字分隔

$/ = "how\n";
$record = <$fh>;
# 輸出: LOCUS...KEYWORDS    .\nhow

4. 設定 $/ = "ACCESSION" 以欄位名分隔

$/ = "ACCESSION";
$record = <$fh>;
# 輸出: LOCUS...//\nACCESSION

5. 陷阱：$/ = "/\n" 未匹配預期

$/ = "/\n";
$record = <$fh>;
# 輸出: LOCUS...//\nACCESSION...\n// (讀到第二個 //\n)
# 原因: 第 4 行 "/" 其實是 "//" (兩個斜線)，單獨 "/" 不存在

修正：刪除第 4 行多餘內容，只留單獨 `/`，再匹配即可。

關鍵知識點

• $/ 可設為多字元字串，不限單字元。
• 設為 `undef` 或 `''` (空字串) 進入段落模式：以空白行 (`\n\n+`) 分隔。
• 局部修改建議用 `local $/ = "...";` 在區塊內生效，離開自動恢復，不影響全域。
• 讀取大檔案時，自定義 `$/` 可避免將整檔載入記憶體，實現流式處理大記錄。

生物資訊實戰模式

# FASTA 格式：以 ">" 開頭分隔序列
local $/ = ">";
while (my $rec = <$fh>) {
    chomp $rec;
    next unless $rec;
    my ($header, @seqLines) = split /\n/, $rec;
    my $seq = join '', @seqLines;
    process($header, $seq);
}

# GenBank：以 "//\n" 分隔完整條目
local $/ = "//\n";
while (my $entry = <$fh>) {
    parse_genbank($entry);
}